Ingénieur de recherche en bioanalyses et biostatistiques (H/F)

Date de clôture de réception de candidatures : 26/05/2026 Qui sommes-nous ? Le département IRSI est en charge des systèmes d'information — de gestion et de recherche — de l'Ifremer. A ce titre, il assure des services et réalise des projets dans le but de développer, programmer et renouveler l'ensemble des ressources informatiques, matérielles et logicielles, nécessaires :

• au fonctionnement général de l'Institut, à sa communication, interne et externe, et à la sécurité de ses systèmes d'information ;
• à la mise en œuvre des infrastructures de recherche dont l'Institut a la responsabilité ;
• à la gestion des données et informations scientifiques que l'Institut acquiert, rassemble, analyse ou diffuse en tant qu'institut national de référence en sciences et technologies marines.

Au sein du département IRSI, le SeBiMER est le service de bioinformatique de l'Ifremer, créé en 2019. Le SeBiMER accompagne les équipes de recherche de l'Ifremer dans leurs projets bioinformatiques, de la définition des questions scientifiques à la valorisation des résultats. Ses expertises couvrent notamment le métabarcoding, la métagénomique, la transcriptomique, l'assemblage et l'annotation de génomes. Le SeBiMER développe et maintien des workflows et outils bioinformatiques, administre la plateforme Galaxy de l'institut, et assure la gestion et la bancarisation des données bioinformatiques. Il propose également des formations, de l'assistance et un accompagnement scientifique aux utilisateur·ices de l'Institut. Le poste s'inscrit également dans le contexte du Centre Atlantique de l'Ifremer, dont le site principal est situé à Nantes et qui comprend les stations de Bouin, La Tremblade et Arcachon. Acteur majeur des sciences marines en Pays de la Loire et en Nouvelle-Aquitaine, le Centre Atlantique mène des activités de recherche, d'innovation et d'observation de l'environnement marin, en appui à une gestion durable des ressources et des écosystèmes. La personne recrutée aura vocation à interagir avec les unités et stations du Centre Atlantique, notamment à Nantes et La Tremblade. Vous serez localisé·e sur le centre Ifremer de Nantes et placé·e sous la responsabilité du chef du service de bioinformatique (SeBiMER) à Brest. En coordination avec l'ensemble de l'équipe SeBiMER (Brest et Montpellier), que vous viendrez renforcer, vous jouerez un rôle clé d'interface et d'animation auprès des unités de recherche du Centre Atlantique, dans les domaines de la biostatistique, bioanalyse et bioinformatique. À ce titre, vous assurerez une présence scientifique proactive, favoriserez les échanges et contribuerez à la dynamique collective. Quelle sera votre mission ?

• Vous participerez au traitement des données omiques, méta-omiques et multi-omiques en proposant des outils bio-informatiques et biostatistiques adaptés aux projets de recherche des unités du Centre Atlantique.
• Vous contribuerez à la valorisation des résultats ainsi qu'à la gestion et à la dissémination de ces données, en coordination avec le reste du service SeBiMER.
• Vous participerez au montage de projets collaboratifs sur les thématiques des laboratoires ainsi qu'à l'encadrement d'étudiant·e·s.
• Vous prendrez part activement à l'animation scientifique locale en bioinformatique, en favorisant l'émergence de projets, le partage de bonnes pratiques et la montée en compétences des équipes, tout en assurant un lien fonctionnel étroit avec le reste du SeBiMER.

Quelles seront vos activités ?

• Accompagnement des unités du Centre Atlantique dans le montage et suivi des projets sur le volet biostatistique et bioinformatique :Participation aux réunions scientifiques ;
• Animation des échanges avec les biologistes et chimistes ;
• Participation au montage de projet et à la définition du plan expérimental ;
• Interprétation et synthèse des données obtenues ;
• Présentation des résultats ;
• Rédaction des comptes-rendus et rapports scientifiques ;

Accompagnement et animation scientifique des équipes de recherche de l'Institut, en particulier du centre Atlantique, autour des approches biostatistiques et bioinformatiques, notamment :

• En prenant en charge et/ou en participant au support des analyses de données de type metabarcoding, metagenomique, metatranscriptomique, protéomique et metabolomique en y apportant des solutions biostatistiques ;
• En sélectionnant et mettant au point des pipelines d'analyses adaptés aux projets pris en charge notamment en termes d'analyses multi-omiques et/ou méta-omiques ;
• En préparant, coordonnant et animant des formations thématiques à destination des équipes de recherche ;
• En contribuant à la diffusion des bonnes pratiques de gestion des données omiques auprès des équipes de recherche ;
• En participant à la valorisation des résultats (publications scientifiques, conférences …) ;

Contribution aux missions du service de bioinformatique SeBiMER :

• Participation aux activités de bioanalyse, de support, de développement et de gestion de données ;
• Participation à un réseau d'interlocuteurs scientifiques national sur le volet bioinformatique ;
• Partage et mutualisation des méthodes d'analyse, des outils et des retours d'expérience ;

Avec qui travaillerez-vous ?

• En interne :Membres du SeBiMER, des autres services du département IRSI, notamment les équipes en charge du supercalculateur Datarmor et de la gestion de données SISMER ;
• Unités de recherche Ifremer, en premier lieu les unités du centre Atlantique et scientifiques des UMRs qui collaborent avec l'Ifremer.

En externe : - Plateformes bio-informatiques françaises. Comment postuler ? Merci de joindre votre CV et votre lettre de motivation, en un seul document pdf. Quels sont nos avantages ?

• Nous avons un accord de télétravail (à partir de 6 mois d'ancienneté) et nos collaborateurs bénéficient de 12 RTT et congés supra légaux.
• Nous consacrons un budget conséquent au développement des compétences, par des actions individuelles ou collectives.
• Nous sommes engagés dans une politique RSE inspirée des raisons d'être de l'institut (forfait mobilité durable)

Quelles sont les prochaines étapes ?

• Échange téléphonique ou en visioconférence pour préqualification
• Entretien, lors d'une commission de recrutement, avec plusieurs interlocuteurs techniques et RH
• Validation du dossier par le directeur du département

Qui êtes-vous ? Bac +8 en bioinformatique ou en biologie avec compétences en bioinformatique, de préférence. À défaut, Bac +5 avec plusieurs années d'expérience significative sur une plateforme de bioinformatique. Vous avez les compétences, connaissances et expériences suivantes :

• Expertise en analyse de données metabarcoding, metagenomique, metatranscriptomique, metabolomique et multi-omiques
• Expertise en biostatistiques
• Connaissances en écologie des communautés et écosystèmes
• Programmation : Python, R
• Scripting et workflows : maîtrise de Bash et connaissance de Nextflow ;
• Maîtrise des outils de gestion de version et de collaboration (Git, GitLab, issue tracking, documentation technique) ;
• Système d'exploitation Unix/Linux, connaissance des clusters de calcul ;
• Bon niveau d'anglais technique, lu et écrit.

Vous avez les qualités suivantes :

• Très bonne organisation et autonomie ;
• Aisance relationnelle et sens du service ;
• Capacité à travailler en équipe dans un contexte multi-tutelle et multi-site ;
• Bonnes aptitudes à la communication et à la présentation écrite (en français et en anglais) ;
• Capacité à animer un réseau d'interlocuteurs scientifiques dans un contexte multi-sites ;
• Aptitude à jouer un rôle fédérateur
• Esprit d'initiative et capacité de proposition ;
• Capacité à structurer, prioriser et porter des actions collectives.