Thèse : Impacts de la contamination chimique sur l’holobionte d’une microalgue nuisible (H/F)

Date limite de réception des candidatures : 20/07/25 Cette thèse se base sur des interactions fortes entre plusieurs unités de recherches spécialisées en contamination chimique de l'environnement, écologie des écosystèmes littoraux, microbiologie et physiologie des microalgues. Vous serez positionné.e au sein de l'unité PHYTOX qui a pour objectifs principaux de mieux comprendre la physiologie des microalgues toxiques et nuisibles (principalement des cyanobactéries, diatomées, dinoflagellés et haptophytes) et de connaître la diversité, le rôle et le devenir des toxines produites. Site de l'unité : Vous interagirez avec (i) l'unité CCEM qui développe des connaissances scientifiques sur le transfert et les effets biologiques des contaminants chimiques dans les écosystèmes marins. Les travaux de recherche de CCEM enrichissent l'expertise en Appui aux Politiques Publiques et permettent d'évaluer la pression chimique sur les écosystèmes marins (Site de l'unité : ; (ii) l'unité COAST, constituée de neuf Laboratoires Environnement Ressources (LER) et d'un laboratoire de gestion et de valorisation des données, répartis sur quatorze implantations couvrant la totalité du littoral métropolitain. Les principales missions de ces laboratoires portent sur l'observation du littoral (réseaux de surveillance et diagnostics de la qualité du milieu marin) et sur l''étude des écosystèmes littoraux et conchylicoles (Site de l'unité : ; et (iii) l'unité MASAE, plus particulièrement le laboratoire EM3B qui s'attache à étudier les communautés bactériennes marines et les opportunités d'innovation pour les biotechnologies ou la bio-économie. Sujet de la thèse : Les blooms algaux sont des proliférations soudaines, naturelles et récurrentes d'espèces phytoplanctoniques toxiques et non toxiques qui peuvent gravement affecter la biodiversité des océans, la santé humaine, la socio-économie côtière et la sécurité alimentaire. L'étude de ces blooms a rarement pris en compte les multiples interactions qui se produisent dans la phycosphère, soit entre les microalgues et les bactéries, soit entre bactéries. Une autre question importante, encore négligée, est l'influence de la contamination chimique sur les blooms algaux. Parmi les espèces formant des blooms, Lepidodinium chlorophorum est un Dinoflagellé connu pour produire des évènements d'eau colorée en milieu littoral, entraînant des mortalités massives d'organismes marins par la production de grandes quantités de composés extracellulaires, regroupés sous le terme de matrice extracellulaire. Par conséquent, l'holobionte algal (qui comprend la cellule algale, les composants de la matrice extracellulaire et les bactéries associées) doit être considéré dans son intégralité. Or, les mécanismes impliqués dans la réponse de l'holobionte des microalgues nuisibles aux polluants et les conséquences sur l'apparition, la sévérité et la persistance des blooms algaux sont, à ce jour, peu connus et nécessitent des études intégratives pour mieux comprendre la dynamique des blooms, leur capacité à se développer dans un environnement de plus en plus pollué et leur impact écologique. Votre mission : Les objectifs sont d'étudier les interactions entre le dinoflagellé L. chlorophorum, sa matrice extracellulaire et ses consortia bactériens lors d'un événement d'eau colorée et d'estimer le rôle potentiel de cette matrice dans la rétention/concentration de polluants. Ces données seront acquises (i) sur le terrain lors des campagnes d'échantillonnage prévues dans divers projets qui visent à caractériser les communautés phytoplanctoniques et bactériennes, ainsi que les paramètres physico-chimiques avant, pendant et après ces blooms et (ii) en laboratoire dans des conditions contrôlées où des cultures de microalgues associées à différentes communautés microbiennes synthétiques seront exposées à des polluants afin d'étudier leur physiologie et les composants de la matrice extracellulaire produite. Cette thèse propose d'associer analyses en laboratoire et sur le terrain : Des analyses chimiques seront utilisées pour décrire les polluants présents dans le milieu. La biologie moléculaire mettra en évidence la complexité taxonomique, métabolique et fonctionnelle des populations microbiennes et les réponses aux polluants. Enfin, des analyses biochimiques seront utilisées pour analyser la composition de la matrice extracellulaire. L'intégration de toutes ces données fournira une vue d'ensemble des effets des polluants et permettra de comprendre certains des déterminants de la dynamique des blooms algaux. Mots clés : Microbiome ; Holobionte ; Exposome chimique ; microalgue nuisible ; Bloom algal ; Matrice Extracellulaire Comment se déroulera votre activité :

• Poste à temps plein
• Déplacements réguliers sur le terrain.
• Présentation des résultats et discussions en France et à l'étranger.

Quels sont nos avantages :

• Véritable opportunité de travailler sur les thématiques prioritaires de l'Ifremer, les contrats doctoraux proposés par l'Ifremer ouvrent droit, pour une durée de 3 ans, à une rémunération forfaitaire mensuelle brute égale à 2300 euros brut, non cumulable avec d'autres bourses d'étude.
• Nous avons un accord de télétravail (à partir de 6 mois d'ancienneté) et nos collaborateurs bénéficient de 12 RTT et congés supra légaux.
• Nous consacrons un budget conséquent au développement des compétences, par des actions individuelles ou collectives.
• Nous sommes engagés dans une politique RSE inspirée des raisons d'être de l'institut (forfait mobilité durable…)

Comment postuler ? Le dossier de candidature doit comprendre :

• un CV
• une lettre de motivation
• une lettre de référence
• un relevé de notes (Licence + Master 1 et premier semestre Master 2)

L'ensemble des documents doit être déposé sur ce site sous la forme de 1 documents.PDF. Nous vous invitons à déposer en parallèle votre dossier auprès de l'Ecole doctorale : ED642 VAAME La date limite pour la remise des candidatures est le 20 Juillet 2025. Néanmoins, nous vous engageons fortement à faire part dès que possible de votre intention de postuler, en prenant contact avec le responsable de sujet : Anthony Bertucci. Les contrats des doctorants démarreront à compter du 6 octobre 2025, sous réserve de la production par le doctorant des documents administratifs autorisant son recrutement par l'Ifremer (attestation de réussite au master 2 ou diplôme d'ingénieur + visa pour les doctorants étrangers hors U.E.). Quelles sont les prochaines étapes ? Dépôt de candidature sur le site Ifremer emploi et sur le site Amethis de l'ED VAAME Les candidats devront détenir un Master 2 ou école d'ingénieur en écologie du phytoplancton, écologie microbienne, biologie moléculaire, ou domaines associés. Vous avez les compétences, connaissances et expériences suivantes :

• Bonne connaissance des outils bioinformatiques et du logiciel R.
• Connaissances des pratiques de biologie moléculaire en laboratoire.
• Capacité à concevoir un plan d'expérimentation.
• Très bonnes capacités à allier le travail de laboratoire, de terrain et le traitement de données.
• Bonne maîtrise de l'anglais.

Vous avez les qualités suivantes :

• Bon sens de l'organisation, rigueur, curiosité et esprit d'initiative.
• Intérêt pour l'interdisciplinarité
• Autonomie
• Capacité à communiquer et à travailler en équipe.