Post-doctorat en estimation statistique pour modèles épidémiologiques

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales , implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité au sein de l'unité de recherche BioEPAR, située à Nantes, au sein de l'équipe Dynamo. Vous intégrerez une équipe de chercheurs travaillant sur des modèles mécanistes de propagation des maladies animales. Vous pouvez également rejoindre l'équipe Dynenvie au sein de l'unité de recherche MaIAGE, située à Jouy-en-Josas, près de Paris.

Votre mission consistera à développer et appliquer des méthodes avancées d'inférence statistique sans vraisemblance afin d'améliorer le calibrage de modèles épidémiologiques mécanistes. En effet, ces modèles constituent des outils essentiels pour anticiper et contrôler la propagation des maladies infectieuses à grande échelle. Cependant, leur performance dépend de manière cruciale d’un calibrage efficace à l'aide de données empiriques souvent complexes, incomplètes et hétérogènes (épidémiologiques, sérologiques et génomiques). Il existe actuellement un manque de méthodes robustes permettant d'intégrer efficacement ces sources de données diverses dans des modèles épidémiologiques complexes. Ce projet vise à développer des méthodes d'inférence sans vraisemblance adaptées aux modèles épidémiologiques à grande échelle, en utilisant le virus de la diarrhée virale bovine (BVDV) comme étude de cas. La BVD est une maladie endémique caractérisée par une propagation silencieuse par le biais d'animaux infectés de manière persistante, ce qui la rend particulièrement adaptée aux avancées méthodologiques en matière d'intégration des données et de reconstruction de la transmission.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

1. Développement de méthodes d'inférence : vous concevrez et évaluerez des statistiques de synthèse pour l'intégration de données hétérogènes, et vous mettrez en œuvre et comparerez des approches sans vraisemblance (par exemple, ABC-SMC, ABC-RF, Wasserstein-ABC, NPE) en termes de précision et d'efficacité computationnelle.
2. Exigences en matière de données et conception de la surveillance : vous déterminerez la quantité et la qualité minimales de données requises pour un calibrage fiable du modèle et évaluerez l'impact des stratégies de surveillance (fréquence, type et couverture) sur les performances d'inférence.
3. Application à des données réelles : vous développerez un modèle mécanistique multi-souches pour la transmission du BVDV en France, intégrant des processus d'observation et d'échantillonnage. Vous calibrerez également le modèle à l'aide du cadre développé et reconstituerez les schémas de transmission.

Formations et compétences recherchées

Doctorat

Formation recommandée : doctorat en statistiques, mathématiques appliquées, biologie computationnelle, épidémiologie, ou un sujet connexe

Connaissances souhaitées : bonnes connaissances en inférence statistique, idéalement à l’aide de méthodes bayésiennes ou d’inférence sans vraisemblance

Expérience appréciée : modélisation spatiale ou à base de réseaux ; analyse de données génomiques ; phylodynamique

Aptitudes recherchées : expérience en programmation (par exemple, R, Python ou C++) ; intérêt pour la modélisation en épidémiologie et l’intégration de données ; bonnes compétences d’analyse, de résolution de problèmes et de communication ; capacité de travail indépendant et en collaboration, dans un environnement interdisciplinaire

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation , conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr