Chargé-e de recherche en bio-informatique et microbiome

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales , implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez l’unité de recherche Physiopathologie des Adaptations Nutritionnelles, qui étudie les interactions entre l’alimentation, le microbiote intestinal et la santé. Vous évoluerez au sein d’une équipe pluridisciplinaire réunissant des spécialistes en nutrition, microbiologie, bio-informatique et santé humaine, dans un environnement de recherche collaboratif à dimension nationale et internationale.

Ce recrutement s’inscrit dans le cadre du projet PREVALLMAT, financé par la Fondation AXA. Ce projet vise à évaluer l’impact d’une supplémentation en fibres prébiotiques pendant la grossesse sur le microbiote maternel et sur le risque de développement de maladies allergiques chez l’enfant. Des échantillons biologiques collectés chez les mères et leurs enfants jusqu’à l’âge de 5 ans seront analysés afin d’étudier les liens entre microbiote, fonctions microbiennes et évolution clinique.

Ce projet répond à un enjeu majeur de santé publique : mieux comprendre les mécanismes précoces impliqués dans le développement des allergies afin d’identifier des stratégies de prévention dès la grossesse. Vos travaux contribueront à caractériser les interactions entre le microbiote maternel et celui de l’enfant, à identifier des biomarqueurs prédictifs du risque allergique et à améliorer le suivi des populations à risque.

Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes :

Analyse bio-informatique et intégration des données

• Analyser les données de métagénomique obtenues par séquençage à haut débit du microbiote intestinal.
• Étudier la composition taxonomique et fonctionnelle des microbiotes maternels et infantiles.
• Réaliser des analyses statistiques avancées et des approches d’intégration de données multi-omiques.
• Identifier des signatures microbiennes associées à la prévention ou au développement des maladies allergiques.

Recherche scientifique et valorisation

• Contribuer aux travaux du projet « Établir des signatures microbiennes prédictives des maladies allergiques ou de leur prévention chez des enfants dont les mères ont été supplémentées avec des fibres prébiotiques ».
• Interpréter les résultats en lien avec les données cliniques disponibles.
• Participer à la rédaction d’articles scientifiques, de rapports et de projets de recherche.
• Présenter les résultats lors de réunions scientifiques et de congrès nationaux et internationaux.

Développement scientifique et collaborations

• Collaborer avec les partenaires du projet et les plateformes d’analyse impliquées dans les travaux.
• Participer au développement de nouvelles approches analytiques appliquées aux données microbiome.
• Contribuer à la dynamique scientifique de l’équipe et aux collaborations nationales et internationales.

Des déplacements ponctuels sont à prévoir pour participer à des réunions de projet, des congrès scientifiques et des actions de collaboration.

Formations et compétences recherchées

Doctorat

Vous êtes titulaire d’un doctorat en biologie, microbiologie, bio-informatique ou biologie computationnelle, avec un intérêt marqué pour l’étude du microbiote et des interactions entre nutrition et santé.

Une expérience en analyse de données de séquençage à haut débit, notamment en métagénomique shotgun, est attendue.

Savoir-faire :

• Maîtriser les analyses bio-informatiques appliquées aux données de métagénomique.
• Utiliser les langages de programmation R, Python et les environnements Linux.
• Mettre en œuvre des outils d’analyse du microbiome et des approches d’intégration multi-omique.
• Réaliser des analyses statistiques complexes et interpréter les résultats biologiques.
• Rédiger des publications scientifiques et des projets de recherche en anglais.
• Communiquer efficacement des résultats scientifiques à l’écrit comme à l’oral.

Savoir-être :

• Autonomie dans la conduite des travaux de recherche.
• Rigueur scientifique et sens de l’analyse.
• Capacité à travailler au sein d’équipes interdisciplinaires.
• Esprit d’initiative et force de proposition.
• Qualités relationnelles et goût pour le travail collaboratif.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation , conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr